Microorganismele (virusuri, bacterii sau ciuperci) interacţionează cu toate componentele mediului de viaţă din fermele zootehnice: fizice, chimice sau biologice. Unele dintre acestea se adaptează mai repede, altele mai lent sau chiar deloc, dar în toate situaţiile fenomenele ce se derulează la nivelul fiecărei populaţii microbiene sunt extrem de complexe. Se poate afirma că factorii de mediu influenţează fundamental funcţia enzimelor metabolice, iar supravieţuirea într-un mediu variabil reprezintă o problemă de flexibilitate enzimatică. Influenţa halogenilor asupra microorganismelor Halogenii sunt elemente chimice nemetalice, reprezentaţi de fluor, clor, brom şi iod. Pot exista atât în stare ionică (halogenuri), cât şi în stare neionică: îşi exercită mai bine efectul antimicrobian în stare neionică (ex: clor, iod). Fluorul şi bromul se mânuiesc greu şi periculos, nereprezentând o eficienţă mai mare decât clorul şi iodul. Este motivul pentru care este preferată folosirea acestora din urmă. Clorul se foloseşte de aproximativ 200 de ani în dezinfecţie şi antisepsie. Principalele forme folosite în controlul antimicrobian sunt clorul lichid şi gazos (Cl2), hipocloriţii (OCl) şi cloraminele (NH2Cl). În soluţii, aceşti compuşi se combină cu apă eliberând o substanţă foarte activă şi anuma e acidul hipocloros (HOC1). Această substanţă oxidează gruparea sulfidril (S-H) a aminoacidului cisteină şi interferă punţile disulfidice (S-S) a numeroase enzime. Denaturarea enzimelor este permanentă, având loc reacţii metabolice. Principalele dezavantaje ale folosirii soluţiilor pe bază de clor în dezinfecţie sunt: ineficienţa prin folosirea la un pH alcalin; substanţele organice în exces pot reduce în mare măsură activitatea lor, iar dacă sunt expuse la lumină devin relativ instabile. Clorul, ca element pur, este un gaz extrem de toxic ce trebuie transportat în cilindrii de oţel.Hipocloriţiise găsesc dizolvaţi în apă (concentraţie 70%) sub formă de săruri de sodiu şi de calciu, fiind poate cei mai larg folosiţi dintre compuşii clorului. În ferme, se folosesc îndeosebi la dezinfectarea şi dezinfecţia ustensilelor şi altor mijloace tehnice.Cloraminele(dicloramina, halozona) sunt folosite mai frecvent ca substituenţi ai clorului pur la tratarea conductelor de dezinfectare a apei. Clorurarea standard a apei poate produce niveluri periculoase, motiv pentru care se recurge la adaptarea tratării conductelor pentru adăpare cu apă folosind cloramina. Cloraminele servesc, de asemenea, ca agenţi de igienizare sau la dezinfectarea spaţiilor de creştere a animalelor.Iodul este o substanţă caustică de culoare neagră, care formează soluţii de culoare cafenie, când este dizolvat în apă sau alcool. Soluţia concentrată de iod (5% şi 10% iodură de potasiu) este utilizată ca dezinfectant. În fermele zootehnice, este folosit cu prudenţă, îndeosebi la dezinfecţia obiectelor din material plastic, cauciuc, al lamelor cateterelor şi termometrelor.Fenolii alchilaţi (crezoli) cei mai importanţi sunt fenolii cloruraţi şi bifenolii. În concentraţii mai slabe inactivează unele sisteme enzimatice importante. Fenolii sunt substanţe germicide puternice, care distrug formele vegetative ale bacteriilor (inclusiv bacilul tuberculozei), dar nu şi endosporii acestora. Din cauza toxicităţii lor este contraindicată folosirea lor ca antiseptice. Pentru un efect maxim (fiind slab solubili în apă), multe dintre aceste preparate trebuie amestecate cu săpun. Hexaclorofenul este un bifenol special cu acţiune puternic germicidă, în special împotriva agenţilor Gram pozitivi din formele Staphilococcus. Până la descoperirea faptului că acesta se absoarbe prin piele producând tulburări neurologice (1972), acest compus se adăuga în săpunurile dedicate prevenirii infecţiilor stafilococice (?!). Influenţa detergenţilor asupra microorganismelor Detergenţii sunt substanţe organice complexe care, ca grup, sunt adesea denumiţi „surfactanţi” (surfactans). Ca tipuri chimice, pot fi de trei feluri: neionici, anionici şi cationici. Detergenţii neionici (neîncărcaţi) au o putere germicidă limitată. Din acest grup fac parte săpunurile. Detergenţii cuationici (în special, compuşii cuaternari de amoniu) sunt cei mai eficienţi dintre cele trei grupe. Toţi detergenţii au o structură moleculară generală care include un reziduu de hidrocarbură cu catenă lungă şi un grup polar. Datorită acestei configuraţii, detergenţii acţionează prin diminuarea tensiunii celulare superficiale. Aceasta poate avea mai multe efecte, printre care ruperea membranei celulare şi pierderea permeabilităţii selective. Compuşii cuaternari de amoniu provoacă distrugerea protoplasmei bacteriene, precipitarea proteinelor sau inhibă metabolismul acestora. Datorită capacităţii de a interacţiona cu suprafeţele, detergenţii sunt eficienţi ca agenţi de umectare, de curăţare sau emulgatori. Gama activităţii detergenţilor este largă; dacă sunt folosiţi în concentraţii medii, compuşii cuaternari de amoniu sunt eficienţi împotriva bacteriilor Gram pozitive, fiind însă ineficienţi în cazul bacililor tuberculozei, pseudomonadelor şi sporilor. Compuşii cuaternari de amoniu includ clorura de benzalcaniu şi clorura de cetilpiridiu. În diluţii variind de la 1:100 la 1:1000 sunt amestecaţi cu agenţii de curăţire pentru ca, în acelaşi timp, să dezinfecteze şi să cureţe suprafeţele şi utilajele din dotarea fermelor zootehnice. Datorită proprietăţilor detergente şi a toxicităţii reduse, compuşii cuaternari de amoniu se situează printre cei mai buni agenţi igienizanţi.