IDSA a fost infiintat ca Laborator Central Sanitar Veterinar de Diagnostic prin Hotararea Consiliului de Ministri nr. 248 / 1966. In conformitate cu prevederile art. 5, alin. 3 al Hotararii Guvernului nr. 6/1999 privind organizarea si functionarea Ministerului Agriculturii si Alimentatiei, cu modificarile si completarile ulterioare, denumirea Laboratorului Central Sanitar Veterinar de Diagnostic a fost modificata in Institutul de Diagnostic si Sanatate Animala. Organizarea si functionarea IDSA sunt reglementate de prevederile Ordonantei Guvernului nr. 42 din 29 ianuarie 2004 privind organizarea activitatii veterinare - aprobata cu modificari si completari prin Legea 215 din 27 mai 2004 - cu modificarile si completarile ulterioare, Hotararea Guvernului Romaniei nr. 1415 din 18 noiembrie 2009 privind organizarea si functionarea ANSVSA si a unitatilor din subordinea acesteia si Ordinele Presedintelui ANSVSA. Functionarea operationala a IDSA se realizeaza in baza Regulamentului de Organizare si Functionare al institutului si a prevederilor de detaliu cuprinse in Regulamentul de Ordine Interioara al acestuia.